Во время метаболизма образуются свободные радикалы, влияющие на сперматогенез. Одной из причин ДНК фрагментации сперматозоидов могут послужить реактивные формы кислорода, разрушающие ядра клеток. Повышенное содержание реактивных форм кислорода в сперме влияет на способность мужчины к зачатию ребенка, т. к. именно в ядрах клеток находится генетическая информация, или ДНК.
Нити ДНК входят в реакцию с реактивным кислородом, таким образом оксидируя и фрагментируя структуру ДНК. Чаще всего содержание свободных радикалов в сперме зависит от различных веществ, оказывающих ежедневное влияние на организм: табак, алкоголь, бытовая техника, излучение (ноутбуки, телевизоры, ультрафиолет), пестициды, тяжелые металлы, озон и др. Также оказывают влияние воспалительные процессы внутренних мужских половых органов.